En la entrevista, el Dr. Eduardo, nos comparte que uno de los más grandes retos a los que se enfrenta la Federación es la gran extensión de la Federación y la distancia entre los municipios. Se tiene la idea de que una FEP solo agrupa a colegios grandes y de renombre, sin embargo, hay una gran variedad de colegios afiliados y uno de los valores más importantes de las FEP es la solidaridad, por lo que cualquier colegio que motive una educación de calidad, humanista, de impacto social e integral, es bienvenida a la comunidad. 

Si bien la mayoría de los colegios de dicha federación se concentran en Tijuana, desde hace 4 años se trabaja para integrar a colegios que están a más de 300 km, por ejemplo en el municipio de San Quintín. La mesa directiva actual está comprometida por albergar y hacer familia con todos los colegios humanistas. 

Otro de los retos en el que trabajan es resignificar el sentido de pertenecer a la federación. Lo cual es muy común en todas las Federaciones, incluso en la Confederación misma; sin embargo, pertenecer a una FEP logra que las autoridades atiendan las necesidades de las escuelas particulares. El secreto reside en impactar y trabajar en coalición.